Το ΕΚεΠΕΚ είναι οργανωμένο σε ειδικότερους Τομείς Έρευνας:

1. Τομέας Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης,
2. Τομέας Διεθνών Οργανισμών και Περιβάλλοντος,
3. Τομέας Ευρωπαϊκών Θεσμών και Περιβαλλοντικής Πολιτικής,
4. Τομέας Κοινωνίας των Πολιτών και Περιβαλλοντικής Επιστήμης,
5. Τομέας Προστασίας και Διαχείρισης του Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Υδροβιοτόπων και Ανάπτυξης Νησιωτικών Περιοχών